Kraków nie zawiedzie osób ceniących odpoczynek na łonie natury. W mieście znajduje się 5 rezerwatów przyrody o łącznej powierzchni ok. 50 ha. Są to: Bielańskie Skałki, Bonarka, Panieńskie Skały, Skałki Przegorzalskie oraz Skołczanka. Na terenie Krakowa dostępne są również fragmenty parków krajobrazowych: Bielańsko-Tynieckiego (aż 66% parku leży w granicach miasta, w tym Lasek Wolski), Tenczyńskiego oraz Dolinek Krakowskich, a nieopodal miasta m.in. Dłubniański Park Krajobrazowy.
Na terenie miasta lub w jego okolicy wyróżnić można liczne użytki ekologiczne: uroczysko w Rząsce, Łąki Nowohuckie, Staw Dąbski, Dolina Prądnika, Staw przy ul. Kaczeńcowej, Rozlewisko potoku Rzewnego, Uroczysko Kowadza oraz las w Witkowicach. Ich celem jest ochrona ekosystemu, w tym zagrożonych gatunków zwierząt i roślin.
W samym Krakowie znajdują się 43 parki o łącznej powierzchni niemal 400 ha! Mieszkańcy najchętniej wypoczywają w Parku Jordana, Parku Krowoderskim oraz Parku im. Tadeusza Kościuszki. Jednym z najlepszych miejsc na spacer jest trasa wzdłuż Plant – założonego w latach 1822-1830 parku miejskiego „otulającego” Stare Miasto. Dużą popularnością cieszą się (szczególnie latem) Bulwary Wiślane.
Warto wspomnieć również o terenach przyrodniczych znajdujących się poza granicami miasta. W przeciwieństwie do górzystego południa, obszary północnej Małopolski cechują się łagodnymi wzniesieniami, dużą ilością łąk i pól. Jest to najbardziej „rolniczy” region województwa. Na Wyżynie Miechowskiej spotkać można rzadkie gatunki roślin i zwierząt. Turyści przyjeżdżają tu przede wszystkim po to, by podziwiać unikalne na skalę europejską kwietne murawy kserotermiczne złożone z urokliwych storczyków – co roku odbywa się tutaj „Święto Storczyka”. Drugim ważnym obszarem jest Puszcza Niepołomicka – kompleks leśny, w którym mieści się 6 rezerwatów przyrody o łącznej powierzchni 94 ha. Turystów zachęcają do odwiedzin nie tylko wspaniałe okazy fauny i flory (w puszczy działa ośrodek hodowli żubrów), ale również liczne ścieżki leśne (w tym ścieżka edukacyjna) oraz ścieżka rowerowa Niepołomice - Szarów.