W Krakowie miejsc związanych z papieżem Wojtyłą jest wiele. Warto wspomnieć przede wszystkim o Pałacu  Arcybiskupów Krakowskich przy ulicy Franciszkańskiej. Tu mieszkał podczas swej posługi biskupiej w Krakowie, ale również jako gość specjalny, gdy przybywał z pielgrzymką do Ojczyzny już jako Jan Paweł II. To właśnie tu, stojąc w oknie, prowadził wieczorami swe słynne rozmowy z młodzieżą.
Nim jednak przyszły papież przeprowadził się na Franciszkańską, najpierw jako ksiądz, a następnie biskup sufragan w latach 1953–67 mieszkał na jednej z najpiękniejszych ulic Krakowa: ulicy Kanoniczej. Dziś mieści się tam Muzeum Archidiecezji Krakowskiej, w którym prezentowane są m.in. pamiątki związane z osobą Ojca Świętego. Do zwiedzania udostępniono także pokój, w którym mieszkał przyszły papież. Jednym z eksponatów w tym pokoju są narty – Karol Wojtyła nawet po wyborze na Stolicę Piotrową uwielbiał szusować po zaśnieżonych górskich stokach.
Tuż ponad ulicą Kanoniczą wznosi się zamek i katedra na Wawelu. Bazylika archikatedralna św. Stanisława Biskupa i Męczennika i św. Wacława była miejscem, gdzie Karol Wojtyła odprawił swoją mszę św. prymicyjną (w romańskiej krypcie św. Leonarda). Tu również przyjął sakrę biskupią i odbył ingres jako nowy arcybiskup krakowski, a jako papież „swoją” katedrę odwiedzał siedmiokrotnie. Ważnym punktem na mapie Krakowa związanym z osobą Karola Wojtyły są również krakowskie Błonia, na których odbywały się wielkie papieskie msze św. Dziś miejsce, gdzie budowany był ołtarz, upamiętnia wielki głaz.
W Krakowie znajduje się najważniejszy w Polsce i na świecie ośrodek żywej pamięci osoby i dzieła Papieża Polaka - Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!”. Częścią Centrum jest Sanktuarium Jana Pawła II z relikwiami krwi Ojca Świętego.